Le 17 avril 1625, M. Vincent signe avec M. et Madame de Gondi le contrat de fondation de la Congrégation de la Mission. Quelques mois plus tard, Madame de Gondi meurt, réconfortée par la présence de M. Vincent.
A l'automne, M. Vincent quitte le Marais pour la rive gauche. Il s'installe avec les premiers Prêtres de la Mission au collège des Bons-Enfants, rue St Victor (angle de la rue des Ecoles et de la rue du Cardinal Lemoine). Dans cette première Maison-Mère de la nouvelle Congrégation, le 3 septembre 1792 les Bienheureux Pères François et Gruyer mourront martyrs.
Après son veuvage, Louise de Marillac, à demi-ruinée, vient habiter rue Saint-Victor avec le petit Michel. Elle y aura trois domiciles successifs de 1626 à 1631.
Peu à peu, Louise se met à apporter son aide à M. Vincent pour le service des pauvres. En 1629 en leur paroisse Saint-Nicolas-du-Chardonnet, M. Vincent l'envoie solennellement visiter les Confréries de la Charité. Louise va devenir la première coordinatrice de cette oeuvre de saint Vincent qui donnait à des femmes laïques une mission de charité, spirituelle et corporelle. En 1630 naît, à Saint-Nicolas, la deuxième Confrérie de la Charité de Paris.
En 1642 M. Vincent ouvrira un séminaire pour sa congrégation au Collège des Bons-Enfants. Au même moment Jean-Jacques Olier installait son séminaire à St Sulpice. Dans les années suivantes, M. Vincent participe à la création de séminaires diocésains dans toute la France. Dans le même temps, les missions se multiplient.